Per quanto riguarda la fauna la ricerca si è diretta in particolare verso le specie protagoniste dei periodi glaciali, ungulati e volatili.
Le diverse fasi climatiche succedutesi permisero l’adattamento solo di alcuni animali, mentre le ripetute fasi di avanzata dei ghiacciai spingevano gli areali degli animali verso sud. 1,5 milioni di anni fa era presente l’ippopotamo, costretto a causa delle temperature a compiere numerose migrazioni attraverso tutta Europa. L’ultima glaciazione vide la diffusione delle popolazioni di mammut, bisonti e alci; in particolare in epoca precedente, 230 milioni di anni fa) viveva il mammut delle steppe. È proprio a questi periodi glaciali che risalgono i fossili di marmotta e di arvicola delle nevi, roditori presenti a quote elevate, e l’orso delle caverne, vissuto a lungo nella zona. Nei periodi più caldi del quaternario il popolamento faunistico si presentava più ricco: le vallate erano popolate in particolare da rinoceronti, elefanti e cervi megaceri. Uno degli animali di spicco della preistoria dell’uomo è stato l’uro, esemplare di bovide comparso circa 200 mila anni fa e sopravvissuto fino al 1600.
Il termine ungulati deriva dal latino “ungulatum”, provvisti di unghie: si tratta di mammiferi che appoggiano il piede sulla punta delle dita. Sul San Martino abitano quattro specie di ungulati: il cervo il capriolo, il muflone e il cinghiale. Il cervo o cervus elaphus è stabilmente presente su tutto il territorio montano della provincia di Varese e fa la sua comparsa tra la fine degli anni ’70 e l’inizio degli ’80. Il massimo sviluppo corporeo è attorno ai 7-8 anni d’età, le femmine fino ai 4-5 anni d’età. Solo i maschi sono dotati di corna che sono caduche, vengono cioè perse e ricostruite ogni anno. Il capriolo o capreolus capreolus, ricompare nella zona negli anni ’50. Il capriolo raggiunge il massimo sviluppo attorno ai 2-3 anni. Solo i maschi sono dotati di corna, anch’esse caduche. Il muflone Ovis orientalis è stato immesso in un numero limitato di individui in Valcuvia e Valtravaglia attorno al 1980. Il maschio raggiunge il massimo sviluppo corporeo a 8 anni d’età e, a differenza dei sopracitati ungulati, non perde le corna tutti gli anni ma è dotato di strutture permanenti.
Sopra i boschi della Valcuvia si trovano almeno cinque specie diverse di uccelli, in particolare si tratta di rapaci come la poiana o Buteo buteo e il falco pecchiaiolo o pernis apivorus: il primo è presente tutto l’anno, mentre il falco pecchiaiolo nidifica nelle nostre zone a metà maggio e riparte per l’Africa a settembre. Il nibbio bruno o Milvus migrans che in questa zona trova le condizioni ottimali per la riproduzione perché costruisce il nido anche sulle pareti rocciose. Come suggerisce il nome latino il nibbio bruno è una specie migratrice che arriva dall’Africa a fine marzo e riparte nel mese di agosto.Il falco pellegrino o falco peregrinus è presente tutto l’anno sul territorio nidifica sulle pareti rocciose accessibili. L’astore accipiter gentilis e lo sparviere accipiter nisus sono rapaci stanziali di bosco e non sono soliti a stare in spazi aperti. Il corvo imperiale o corvus corax nidifica sulle pareti rocciose e si osserva tutto l’anno.
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